Το αρχαιολογικό μουσείο της Νάξου βρίσκεται στη χώρα, στην περιοχή του κάστρου. Στεγάζεται σε ένα διατηρητέο, βενετσιάνικο κτίριο, το οποίο χρονολογείται από τον 17ο αιώνα και προκαλεί ιδιαίτερο ενδιαφέρον από αρχιτεκτονικής άποψης.
Στο μουσείο εκτίθενται αντικείμενα και έργα τέχνης, τα οποία ήρθαν στο φως μετά τις συνεχείς ανασκαφές που πραγματοποιούνται από τον δεύτερο παγκόσμιο πόλεμο και έπειτα. Τα ευρήματα χρονολογούνται από τα νεότερα νεολιθικά έως τα παλαιοχριστιανικά χρόνια (5300 π.Χ. – 5ος αι. μ.Χ.). Οι αρχαϊκοί, οι κλασσικοί και οι ελληνιστικοί χρόνοι αντιπροσωπεύονται από χαρακτηριστικά δείγματα κεραμικής και πήλινων ειδωλίων.Επιπλέον, στο μουσείο εκτίθενται κεραμικά και μια συλλογή γυάλινων αγγείων από τη ρωμαϊκή εποχή.
Οι ανασκαφές τα τελευταία 40 χρόνια έφεραν στο φως πλήθος αρχαιολογικών χώρων και ευρημάτων που εκτίθενται σε αυτό το μουσείο. Στις αρχαιολογικές συλλογές του Μουσείου Νάξου περιλαμβάνονται σημαντικότατα ευρήματα, ιδιαίτερα της πρωτοκυκλαδικής περιόδου (3200 – 2300 π.Χ.) αλλά και από τις παλαιότερες φάσεις των ιστορικών χρόνων, πολλά από τα οποία είναι μοναδικά.
Πέρα από το εσωτερικό του μουσείου, ο επισκέπτης αξίζει να θαυμάσει το ψηφιδωτό δάπεδο που βρίσκεται στην ταράτσα του κτιρίου και απεικονίζει γυναικεία μορφή να ιππεύει θαλάσσιο τέρας.
