Το Αρχαιολογικό Μουσείο Αγίου Νικολάου δημιουργήθηκε με σκοπό να εκθέτει ευρήματα από την ανατολική Κρήτη που μέχρι τότε μεταφέρονταν στο Μουσείο Ηρακλείου. Η έκθεση δεν έχει την οριστική της μορφή, καλύπτει όμως ένα τεράστιο χρονικό διάστημα από τη Νεολιθική Εποχή ως το τέλος της Ελληνορωμαϊκής περιόδου. Ο επισκέπτης μπορεί να παρακολουθήσει τη διαχρονική εξέλιξη της τέχνης στην περιοχή μέσα από αντιπροσωπευτικά δείγματα διαφόρων ρυθμών και εποχών. Μεγαλύτερα και σπουδαιότερα σύνολα αποτελούν τα κτερίσματα από το πρωτομινωικό νεκροταφείο της Αγίας Φωτιάς κοντά στη Σητεία (3.000-2.300 π.Χ.) στην πρώτη αίθουσα και τα ευρήματα από το ανάκτορο των Μαλλίων που έφεραν στο φως οι έρευνες της Γαλλικής Αρχαιολογικής Σχολής, στην τέταρτη αίθουσα. Πιο διάσημο αντικείμενο θεωρείται το σπονδικό αγγείο που έγινε γνωστό ως “η θεά της Μύρτου”.
Το κτίριο του Μουσείου είναι ορθογώνιο με οκτώ αίθουσες για τα εκθέματα, που διατάσσονται κυκλικά γύρω από κεντρικό ορθογώνιο και πλακόστρωτο αίθριο. Μπροστά του ανοίγεται αυλή στεγασμένη που οδηγεί στα γραφεία της Υπηρεσίας (πρώην Εφορείο) και στο εργαστήριο συντήρησης από τη μια και σε κήπο που σε σχήμα Π πλαισιώνει το κεντρικό κτίριο. Μπαίνοντας από την κύρια είσοδο του Μουσείου στον προθάλαμο βρίσκεται στα αριστερά το εκδοτήριο εισιτηρίων και πωλητήριο βιβλίων και καρτών με το μικρό δωμάτιο των φυλάκων πίσω του.
