Τo Mουσείο της Δήλου κτίσθηκε τo 1904, με δαπάνη της ‘εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας’.
Το αρχικό κτίριο περιελάμβανε τις πέντε δυτικές αίθουσες, στις οποίες προστέθηκαν αρκετές ακόμη το 1931, όπως και το 1972.
Στην ίδια χρονική περίοδο έγιναν μεγάλες, αλλά ατυχείς, αλλαγές στην εξωτερική μορφή του κτιρίου (επειδή οι αρχαιολόγοι θέλησαν να εξουδετερώσουν τυπικά ‘βιομηχανικά’ στοιχεία του αρχικού κτιρίου και να το καταστήσουν πιο διακριτικό, καθώς προβάλλεται ανάμεσα στις αρχαιότητες).
Η σημερινή έκθεση του Μουσείου περιλαμβάνει εννέα αίθουσες:
στις έξι από αυτές εκτίθενται τα γλυπτά και τα ανάγλυφα που βρέθηκαν στην Δήλο, μία από τις καλύτερες συλλογές στον κόσμο.
Δύο αίθουσες περιλαμβάνουν αγγεία προϊστορικών έως και υστεροελληνιστικών χρόνων και
σε μία άλλη εκτίθενται διάφορα μικροαντικείμενα που βρέθηκαν στις ιδιωτικές κατοικίες της Δήλου.
Η έκθεση αυτή δεν έχει ακόμη ολοκληρωθεί.
Συλλογές που περιλαμβάνει το Μουσείο:
Επιτύμβια αγάλματα και στήλες του 7ου – 1ου αιώνα π.Χ.
Αγγεία των μέσων της 3ης χιλιετίας – 1ου αιώνα π.Χ.
Ειδώλια του 2ου – 1ου αιώνα π.Χ.
Κοσμήματα και μικροαντικείμενα του 2ου – 1ου αιώνα π.Χ.
Ψηφιδωτά του 2ου – 1ου αιώνα π.Χ.